Balıkesir, Misyalılar tarafından ilk yerleşim yeri olarak seçilmiştir. Daha sonra sırasıyla Truva, Hitit, Freg, Pers, Büyük İskender ve Bergama krallıklarının egemenliği altına girmiştir. M.Ö. 129 yılında Romalılar tarafından ele geçirilen şehir, Bizans döneminde önemli bir yerleşim merkezi haline gelmiştir. Piskoposluk merkezi olarak kullanılan Balıkesir, askeri ve ekonomik olarak güçlenmiştir.

M.S. 670 yılında Müslümanlarla ilk temasını yaşayan Balıkesir, Arapların 8 yıl boyunca hakimiyeti altında kalmıştır. Ancak İstanbul’u alamayan Araplar sonunda geri çekilmişlerdir. Bu dönemde Bizans derebeylerinin elinde kalan şehir, Bizans egemenliği altında kalmıştır.

1071 yılında Türklerin Anadolu’ya girişiyle Balıkesir de Türk hakimiyetine girmiştir. Ancak bu hakimiyet kısa ömürlü olmuş, Selçuklu İmparatorluğu’nun zayıflamasıyla tekrar Bizans kontrolüne geçmiştir. Daha sonra Selçuklu beyliklerinden gelen Türkmenler, bölgeye akınlar düzenlemiş ve Türkleşmeye başlamıştır.

1280 yılında Kara İsa Bey tarafından Karasi Beyliği kurulan Balıkesir, 1345 yılında Orhan Gazi tarafından Osmanlı Beyliği’ne katılmıştır. Osmanlı döneminde askeri ve siyasi açıdan önemli bir konumda olan şehir, tarih boyunca çeşitli savaşlar ve göç dalgaları yaşamıştır.

Balıkesir, Kurtuluş Savaşı sırasında önemli bir rol oynamış ve Cumhuriyet’in ilanından sonra Karesi ismi yerine Balıkesir adını almıştır. Tarihi açıdan derin bir geçmişe sahip olan şehir, 2014 yılında büyükşehir statüsü kazanmıştır.